水産遺伝子解析センターは構造研究グループと機能研究グループとメタゲノム研究グループの３つのグループで構成されています。当センターでは４台の次世代シーケンサーを活用して、クロマグロやウナギをはじめとする水産重要魚介類の全ゲノム塩基配列の解読、発現遺伝子の網羅的な解析、メタゲノム解析など、水生生物ゲノム情報の包括的な解明とその利用に取り組んでいます。

　構造研究グループでは、魚介類や病原微生物の全ゲノム解析や優良形質（高成長、病気への抵抗性、高水温への耐性など）に関わる遺伝子の探索などを行い、水産養殖分野の基礎研究を進めています。また、DNAマーカーを用いた種判別手法の開発や集団遺伝学的解析によって、資源管理や種・遺伝的多様性保全に役立つ研究にも取り組んでいます。

　機能研究グループでは、クロマグロ、ウナギ、ノリ等、重要水産生物の優良形質（早期成熟、高成長、病気への抵抗性、高水温への耐性など）に関わる遺伝子の発現解析とその機能の解明に取り組んでいます。

　メタゲノム研究グループでは、海洋微生物などを対象として、次世代シーケンサーを活用したDNAの網羅的な解析（メタゲノム解析）を行っています。新しい解析法を用いて、今まで培養が困難で実態が把握できなかった海洋微生物環境の特性解明や環境評価手法の開発に取り組んでいます。

　さらに、センター全体で、遺伝子組換え生物（Living Modified Organism：LMO）の生物多様性に及ぼす悪影響を防ぐため、遺伝子組換え水産生物の検出法を開発するとともに、「遺伝子組換え生物の使用等の規制による生物多様性の確保に関する法律（カルタヘナ法）」に基づいた検査を農林水産大臣からの指示により専用の検査施設で実施します。

次世代シーケンサー
蛍光色を発する遺伝子組換えメダカとゼブラフィッシュ(a)、と導入遺伝子（矢印）のPCRによる検出例(b)