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Auto-Primer
©
中村 洋路
2012年12月6日
Version 1.0
2012年12月6日
Version 1.0
概要 |
Auto-primerは、塩基配列中のマイクロサテライトの繰り返しを予測し、プライマーを設計するソフトウェアパイプラインです。
Tandem repeats finder (Benson, 1999)と
Primer3 (Rozen & Skaletsky, 2000)
の二つのソフトウェアを用いて、すなわちバッチでTandem repeats finderを実行してその結果をPrimer3に解析させることで、プライマーのリストを自動的に作成します。
Auto-primerは、次世代型シーケンサーによって生成される大量の遺伝子配列を処理する際に、特に役立つツールです。
Auto-primerを実行するには、内部プログラムとして二つのフリーウェア(Tandem repeats finderとPrimer3)の実行ファイルを別途用意する必要があります。Auto-primerは、Perl言語で書かれており、UNIX/Linux系のOS(CentOS等)上で動作しますが、Perl実行環境(ActivePerl等)がインストールされていれば、Windows PC(MS-DOS)でも実行可能です。
Auto-primerは、次世代型シーケンサーによって生成される大量の遺伝子配列を処理する際に、特に役立つツールです。
Auto-primerを実行するには、内部プログラムとして二つのフリーウェア(Tandem repeats finderとPrimer3)の実行ファイルを別途用意する必要があります。Auto-primerは、Perl言語で書かれており、UNIX/Linux系のOS(CentOS等)上で動作しますが、Perl実行環境(ActivePerl等)がインストールされていれば、Windows PC(MS-DOS)でも実行可能です。
参考文献 |
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