概要

Auto-primerは、塩基配列中のマイクロサテライトの繰り返しを予測し、プライマーを設計するソフトウェアパイプラインです。 Tandem repeats finder (Benson, 1999)と Primer3 (Rozen & Skaletsky, 2000) の二つのソフトウェアを用いて、すなわちバッチでTandem repeats finderを実行してその結果をPrimer3に解析させることで、プライマーのリストを自動的に作成します。
　Auto-primerは、次世代型シーケンサーによって生成される大量の遺伝子配列を処理する際に、特に役立つツールです。
　Auto-primerを実行するには、内部プログラムとして二つのフリーウェア（Tandem repeats finderとPrimer3）の実行ファイルを別途用意する必要があります。Auto-primerは、Perl言語で書かれており、UNIX/Linux系のOS（CentOS等）上で動作しますが、Perl実行環境（ActivePerl等）がインストールされていれば、Windows PC（MS-DOS）でも実行可能です。

参考文献

Yoji NAKAMURA, Yuya SHIGENOBU, Takuma SUGAYA, Tadahide KUROKAWA, Kenji SAITOH (2012) Automated screening and primer design of fish microsatellite DNA loci on pyrosequencing data, Ichthyological Research (2012), (in press) DOI: 10.1007/s10228-012-0317-8.

照会先

FRA-bioinfo@ml.affrc.go.jp