研究所沿革

明治22年 1889 1月20日 大日本水産会が水産伝習所(仮校舎)を京橋区木挽町で開所
7月31日 日本橋箱崎町に移転
明治23年 1890 5月31日 芝区三田四国町に移転
明治30年 1897 農商務省水産講習所を深川区越中島に設置
明治35年 1902 新校舎(建坪8,563平米)完成
昭和４年 1929 農林省水産講習所の試験部と調査部を分離して東京市深川区越中島に農林省水産試験場を設置。
漁労・製造・養殖・漁船・機械の試験及び調査、水産に関する生物・化学・物理的研究及び調査、海洋調査に関する業務等を実施。
昭和７年 1932 東京都京橋区月島（現中央区勝どき）に新築移転。
昭和24年 1949 国の試験研究体制の改変に伴い、８海区水産研究所の一つである東海区水産研究所として、資源・海洋・増殖・漁具漁法・利用の５部で新たに発足。
昭和37年 1962 国の水産研究所より利用・加工関係の研究部門を集中統合し、保蔵、生物化学、水質の３部を新設。また、資源数理科を数理統計部に昇格させるとともに、総務部を設置。
昭和43年 1968 企画連絡室を設置。
昭和46年 1971 放射能部を設置。
昭和54年 1979 養殖研究所の新設に伴い増殖部を、水産工学研究所の新設に伴い漁具漁法部を廃止し、新たに陸水部を設置。資源・数理統計・海洋・陸水・利用・保蔵・生物化学・水質・放射能の９研究部となる。
平成元年 1989 東海区水産研究所の組織体制を見直し、中央水産研究所として発足。生物生態・生物機能・海洋生産・内水面利用・利用化学・加工流通・環境保全・経営経済の８研究部、水産研究官、企画調整部、総務部の体制となる。
平成５年 1993 ８月１日をもって現在地（横浜市金沢区）に新築移転。
平成10年 1998 水産庁研究所の見直しに伴い、環境保全部を廃止し、海区水産業研究部（横須賀庁舎）及び黒潮研究部（高知庁舎）を設置。
平成13年 2001 独立行政法人水産総合研究センターに統合され再出発。中央水産研究所は企画調整部を企画連絡室、総務部を総務課に改組、水産研究官を廃止。
平成14年 2002 企画連絡室にゲノムチームを設置。
平成15年 2003 黒潮研究部黒潮調査官を廃止。
平成16年 2004 内水面研究部（日光庁舎）を設置。水産経済・海洋生産・資源評価・浅海増殖・内水面研究・利用加工の６研究部、水産遺伝子解析センター、企画総務部の体制となる。
企画総務部内に図書資料館を設置。
平成17年 2005 企画総務部を業務推進部、企画調整課を業務推進課、総務課を業務管理課と改組。
平成19年 2007 海洋データ解析センターを設置。
平成23年 2011 水研センター第三期中期計画開始にあたり組織改正。
　　業務推進部、経営経済研究センター、資源管理研究センター、海洋・生態系研究センター、水産物応用開発研究センター、水産遺伝子解析センターの１部５センター体制となった。
平成24年 2012 高知分室(高知庁舎)を廃止。
資源管理研究センターに資源評価グループを設置。
平成26年 2014 水産遺伝子解析センターにメタゲノム研究グループをを設置。
平成27年 2015 国立研究開発法人 水産総合研究センターに名称変更
平成28年 2016 水産総合研究センターと水産大学校とを統合し、国立研究開発法人 水産研究・教育機構として発足。第４期中長期計画期間の開始に際して、内水面研究センターを設置し、1部6センター体制となった。